原因菌が口内にいなければ、口の中や歯間に食べ物が残っていても虫歯や歯周病になりませんか？

なりません。
酸を作る菌がいなくなれば、お口の中を酸性状態にならず歯は溶けません（脱灰しません）ので虫歯の進行は止まると考えられます。
しかし、現実には完全に原因菌をゼロにすることは不可能と思われます。
歯磨きなどの物理的処理で食べかすを除去することが好ましいでしょう。